La historia de Naruto comienza en Konoha, una villa de ninjas, como muchas de las que hay alrededor de ésta, con la examinación del examen para ser Gennin, es decir, para terminar la escuela de ninjas y convertirse ya en un ninja (de rango bajo, pero ninja). El examinador de Naruto, Iruka, tiene que suspender a éste puesto que no sabe hacer las técnicas requeridas para completar dicho examen (Bunshin, copia del ninja). Ese mismo día, alguien misteriosamente roba un pergamino que contiene una serie de técnicas "prohibidas" y se lo quiere llevar de Konoha, pero Naruto, por casualidad, lo ve e intenta combatirlo. El ladrón combate con él (y lógicamente, al ser mayor, lo vence) e intenta hasta matarlo, pero aparece en una escena rápida el examinador de Naruto, Iruka-Sensei, que para el golpe del shuriken que iba a ser mortal para Naruto. Iruka también intenta combatir contra el ladrón, (Mizuki), pero no lo consigue derrotar, y Naruto llega a conseguir el pergamino secreto. Mientras que Iruka y Mizuki no saben dónde se ha metido Naruto, éste se lee el pergamino e intenta aprender una técnica "secreta" del pergamino. Luego, Mizuki amenaza a Iruka, y cuando le va a golpear, aparece Naruto con el pergamino, gritando para que como haga daño a Iruka, Mizuki recibirá sus consecuencias. Éste se rie de Naruto, y Naruto, furioso, hace la técnica prohibida denomindada Kage Bunshin (Copias Reales Múltiples, del ninja) y rápidamente vence a Mizuki. Iruka se queda impresionado y inmediatamente, al verse salvado de tal forma por Naruto, le concede el título de Gennin de Konoha, y le proporciona el protector distintivo de la aldea de Konoha. Más tarde, a los Gennins resultantes del examen, se les convoca para la reunión de grupos de 3 (4 con el profesor), para entrenar y convertirse algún día en un buen ninja (como el sueño de Naruto, que es ser Hokage de la aldea de Konoha, es decir, el ninja más poderoso y que controla la aldea). A Naruto le toca con Sakura (a la que ama desconroladamente) y con Sasuke (al que odia en un principio). Por otra parte, Sakura ama a Sasuke y éste siente indiferencia por los dos. Sakura es una chica Gennin hermosa y que, aparentemente al principio no posee ningún poder o distintivo que haga que sea poderosa. Sasuke es un Gennin del clan Uchiha de Konoha, clan que fue exterminado por el hermano de Sasuke , Itachi, y sólo dejó vivir a su hermano Sasuke, para que éste, llegase a ser fuerte y algún día se vengara de Itachi y lo matara, por haber matado a toda su familia y todo el clan Uchiha. El clan Uchiha tiene una particularidad, que además los hacía muy poderosos, y es que su línea sucesoria (poder o técnica exclusiva del clan que se transmite de generación en generación y sólo a los miembros de sangre de éste) , y es el Sharingan, unos ojos que pueden ver con mayor lentitud los movimientos del enemigo, es decir, que con ellos se puede esquivar más fácilmente los golpes y derrotar al enemigo, además que luego el Sharingan tiene varios "niveles" y cada vez se hace más poderoso haciendo incluso técnicas propias de éste. Sasuke es un Gennin avanzado que sabe algunas técnicas de fuego, pero aún no posee el Sharingan. Al principio no están nada contentos con el grupo, bien porque no le gusta Sasuke, bien porque no le gusta Naruto, o bien porque siente que sus compañeros no tienen poder para estar en un grupo con él. El profesor/entrenador del grupo de Naruto, es Hatake Kakashi, un ninja que misteriosamente posee un Sharingan, aunque no es del clan Uchiha, y además sólo posee uno, en un ojo, que lleva normalmente tapado hasta que quiere usar éste para combatir. Kakashi parece en un principio muy duro y serio, pero luego, al realizarles una prueba para ver si están aprobados como grupo (dice que si no superan esa prueba no podrán avanzar nunca siendo ninjas, y que siempre se quedarán con el rango Gennin, algo muy duro para Naruto, Sasuke y Sakura). La prueba consistía en conseguir quitarle a Kakashi 1 cascabel de 2 que tenía, es decir, que uno de los Gennins se quedaría sin aprobar, así que Naruto, Sasuke y Sakura van cada uno por su parte a por Kakashi en busca de un cascabel. Naruto no consigue ni rozar a Kakashi, y éste le ata a un árbol. Sakura tampoco, puesto que Kakashi le hace una técnica de ilusión y la hace creer que está viendo a Sasuke muerto en el suelo, cosa que hace que ésta se desmaye. Sasuke, por su parte, consigue rozar un cascabel, gracias a la técnica Katon (de fuego) que hace una bola de fuego y sorprendió a Kakashi, puesto que éste pensaba que el nivel de Sasuke era inferior, pero tampoco consiguió quitarle ningún cascabel. Luego, Naruto, al conseguir desatarse del árbol en el que Kakashi le había amarrado, ve algo de comida que había dejado Kakashi cerca de una piedra (y éste les había dicho que no podrían comer nada antes de saber el resultado de la prueba) y Naruto va a la piedra, coge algo de comer, e intenta comerlo... pero en ese momento llega Kakashi y le coge la comida. Luego reune a los 3 en grupo, (Naruto ahora atado a un tronco) y les dice que Sakura y Sasuke pueden comer, pero que no den de comer a Naruto, aunque éste está hambriento. Además, Kakashi les dijo que si le daban de comer a Naruto, suspenderian todos. Sasuke ve que Naruto está muy hambriento y que no puede más, así que le ofrece su comida, puesto que al parecer no estaba Kakashi cerca, y dice que mejor darle de comer, para luego que tenga más fuerzas para conseguir algún cascabel. En ese momento aparece Kakashi muy enfadado, diciendo que todos habían.... ¡APROBADO! y radicalmente cambia la cara por una de muy contento y les explica que para ser verdaderos ninjas deben primero ayudarse en grupo, y luego ya completar su objetivo, pero ante todo, son sus compañeros. Desde ese momento, la apariencia de Kakashi cambia y a todos les parece un examinador y entrenador excelente.